Fundamentalna różnica metodologiczna między mną a Graczykiem polega na tym, że jako historyka uczono mnie, że sprawą podstawową jest odnoszenie ocen ludzkich wyborów do kontekstu i problemów danego czasu, świadomości żyjących wtedy ludzi, problemów, z którymi próbowali sobie radzić, podejmując takie lub inne działania. Dla Graczyka podstawą oceny jest natomiast odniesienie ówczesnych postaw i zachowań do arbitralnego założenia uznanego za kryterium ocen 50 lat później.
Po drugie, za wiarygodną uznaję empiryczną metodę badań i wnioskowania. Jeśli mam dokument, mogę go interpretować; jeśli nie mam dokumentu, nie mogę wyciągać wniosków. Treść mojej polemiki wskazuje, że istnieje trochę dokumentów ukazujących „Tygodnik Powszechny” w realiach ustrojowych PRL i powody dokonywania przez redakcję takich czy innych wyborów. Roman Graczyk przyjmuje natomiast metodę dedukcji i arbitralnych sądów.
Owa metoda dedukcji widoczna jest szczególnie w opisywaniu „przypadków szczególnych”. Roman Graczyk oburzał się, że zarzucam mu wnioskowanie o rozmowach z SB na podstawie „rachunków z kawiarni”, bo przecież opiera się na danych „funduszu operacyjnego”. Podtrzymuję swoją ocenę. Nie spieram się, że podane przez niego cztery osoby były przez SB zarejestrowane, wierzę też, że do rozmów dochodziło. Wierzę nawet, że esbek stawiał obiad czy koniak. To są właśnie rachunki z restauracji. Ponad to nie wiemy nic. Nie znamy – prócz jednej najogólniej wzmiankowanej – treści tych rozmów, a więc nie możemy ich odtworzyć ani oceniać. Dedukcja oparta na samym fakcie spotkań prowadzi w pustkę, w nieuprawnione hipotezy i podejrzenia.
Cały tekst w miesięczniku WIĘŹ nr 5-6/2011 (dostępny także w wersji elektronicznej jako e-book)
